鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發(fā)出挑戰(zhàn)。這位壞脾氣的大叔斥巨資制造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號(hào)，并以鑲嵌有名貴寶石“天空的貴婦人”的戒指作賭注，邀請基德前來挑戰(zhàn)，看他能否在東京到大阪的這6小時(shí)時(shí)間內(nèi)完成這項(xiàng)困難的任務(wù)?？履?、小蘭等人理所當(dāng)然也接到邀請，甚至電視臺(tái)的人也興師動(dòng)眾前來。隨著時(shí)間的流逝，雙方的對決悄悄展開。另一方面，恐怖組織紅色暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國立東京微生物研究所，并盜走一種致命的病毒。
本片根據(jù)青山剛昌的同名漫畫改編，是該動(dòng)畫的第14部劇場版

一年一度的七夕即將到來，東京、神奈、靜岡、長野等地卻接連發(fā)生六起連環(huán)殺人案，被害者身邊皆留下麻將牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范圍過大，各地警署探員紛紛聚到東京警署的專案組共同研究案情，毛利小五郎也被邀請參加，柯南則偷偷聽取了會(huì)議的內(nèi)容。會(huì)后，柯南無意中聽到群馬縣警部山村操哼唱的童謠，繼而發(fā)現(xiàn)有黑衣組織的成員混進(jìn)警察中間。在一次圍捕行動(dòng)中，柯南遇到假扮人質(zhì)的Vermouth，得知近期一連串的殺人案件與存有組織內(nèi)部人員資料的記憶卡有關(guān)。與此同時(shí)，潛入警察內(nèi)部的間諜偷偷盜取工藤新一和柯南的指紋，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危險(xiǎn)正向他和身邊的人急速襲來……

堂本一輝是著名的鋼琴演奏家，兩年前突然宣布不再演奏鋼琴轉(zhuǎn)而攻向管風(fēng)琴，更斥資建造了堂本音樂廳，準(zhǔn)備在落成之日舉行演奏會(huì)。然而在演奏會(huì)之前，堂本音樂學(xué)院的學(xué)生相繼死去，先是爆炸案，后是單個(gè)被殺。園子帶著柯南一行人來聽排練，認(rèn)識(shí)了女高音歌唱家秋庭憐子，擁有絕對音感的秋庭也開始遭遇到危險(xiǎn)：潤生茶被下藥、作森林浴時(shí)遭遇空氣槍襲擊、試演會(huì)當(dāng)天更遭擊暈。然而就是從這些事件中，柯南找到了推理的邏輯：兇手試圖把秋庭排除在兇殺外。這邊已經(jīng)正式開演的演奏會(huì)渾然不知音樂大廳外已是爆炸連天，小蘭、灰原哀以及演奏廳內(nèi)的一千多人頓時(shí)危在旦夕，絕對音感成為了唯一的救命線索。柯南找到了爆炸的邏輯，要在罪犯引爆最后一個(gè)炸彈前，把他找出來。

柯南和小五郎等拉著大隊(duì)，來到位于太平洋中的美麗小島“神海島”渡假。這座島嶼自古已有流傳，大概有關(guān)沉沒于海底的古代遺跡“海底宮殿”，及300年前兩名女海盜遺留下來的寶藏傳說。小蘭和園子不懼流傳，在“海底宮殿”附近潛水時(shí)，意外遇到一大群正在尋找寶物的獵人，不料其中一人突然遭鯊魚攻擊，不幸身亡！小蘭和園子幸運(yùn)逃難，柯南見那位獵人死狀詭異，與灰原一起展開調(diào)查。
　　柯南認(rèn)為獵人之死，跟寶藏傳說有著莫大關(guān)系，他試圖解開背后原因，“海底宮殿”的謎題一直系繞在他的腦海中。他找到了一組神秘名詞“Jolly Roger(海盜旗)”后，滿以為有所起色，獵人卻突然現(xiàn)身，并偷走了原來發(fā)現(xiàn)的寶藏！小蘭和園子落在獵人的魔掌之中，性命危在旦夕！隱藏于傳說中的訊息是什么？“海底宮殿”有什么秘密？穿越300年時(shí)光的暗號(hào)，柯南誓要逐步解開迷題

《大江東去》是雷獻(xiàn)禾執(zhí)導(dǎo)，李幼斌、曹力等主演的繼《大雪無痕》《絕不放過你》之后的反腐打黑三部曲終結(jié)篇。該片取材自震驚全國的“沈陽慕馬大案”，由一宗市長女兒綁架案牽引出的腐敗大案。

擔(dān)當(dāng)原作的赤松健曾于《OVA 另一個(gè)世界》發(fā)售期間定下一個(gè)銷量目標(biāo)，稱若目標(biāo)達(dá)成，將會(huì)把漫畫改篇為長篇?jiǎng)赢嫹潘?。最后銷量目標(biāo)達(dá)成，赤松健亦遵守承諾，預(yù)定于2011年推出作品。起初，讀者對長篇?jiǎng)赢嫷亩x有疑惑的地方，不清楚是屬于哪一種動(dòng)畫形式，官方其后澄清為劇場版。
解決魔法世界崩壞的危機(jī)的涅吉，與一眾3-A學(xué)生和魔法師回到麻帆良學(xué)園。然而，他們在校門發(fā)現(xiàn)了寫著“麻帆良學(xué)園中等部畢業(yè)典禮”的橫幅。很久沒有回來的涅吉和同學(xué)們，就在有限的時(shí)間內(nèi)慌忙作好準(zhǔn)備。同時(shí)間，校長召見涅吉，要涅吉認(rèn)真考慮如何跟班內(nèi)多位學(xué)生厘清關(guān)系，尤其是跟過半班內(nèi)學(xué)生訂下的“暫定契約”，其實(shí)還有一些秘密……為了決斷的問題，涅吉覺得十分煩惱……