As the team checks on possible alien activity, they're stopped by a Plumber Magister who accuses them of impersonating Plumbers and orders them not to fight any more aliens until the situation can be sorted out... in a few months. Meanwhile, Darkstar emerges, a new villain who allies himself with the DNAliens to go after Ben and the others.

　　在“超高校級(jí)的絕望”帶來(lái)的“人類史上最大最惡的絕望事件”之下，世界陷入了瀕臨崩壞的絕境。為了拯救這個(gè)充滿絕望的世界，“未來(lái)機(jī)關(guān)”由原希望峰學(xué)園的校長(zhǎng)與師生們集結(jié)而成了。其中就包括了曾經(jīng)打倒了江之島盾子的苗木誠(chéng)等78期生。他們?cè)诖死^續(xù)復(fù)興世界的活動(dòng)，但苗木卻被以 庇護(hù)“絕望的殘黨”這一罪名遭到了眾人的懷疑。未來(lái)機(jī)關(guān)眾人為了苗木的處分而聚集在一起時(shí)，卻遭到黑白熊的監(jiān)禁，并被要求進(jìn)行“最后的自相殘殺”。他們的手臂被戴上了奇妙的手環(huán)，過(guò)了一定時(shí)間就會(huì)被投以安眠藥。不止如此，這其中還存在著“背叛者”，是為了殺掉未來(lái)機(jī)關(guān)而來(lái)的人。“為了生存下去，非得找出背叛者并殺掉不可”。不存在“學(xué)級(jí)裁判”這一規(guī)則的自相殘殺。殺或者被殺，在這極限狀態(tài)的死亡游戲中，苗木誠(chéng)等人被逼入絕境。希望殺死希望的絕望物語(yǔ)開(kāi)始了。
　　【主要出場(chǎng)人物】苗木誠(chéng)（未來(lái)機(jī)關(guān)第十四支部所屬）、霧切響子（未來(lái)機(jī)關(guān)第十四支部支部長(zhǎng)）、朝日奈葵（未來(lái)機(jī)關(guān)第十三支部所屬）、雪染千紗（未來(lái)機(jī)關(guān)第五支部支部長(zhǎng)）、宗方京助（未來(lái)機(jī)關(guān)副會(huì)長(zhǎng)·第二支部支部長(zhǎng)）、天愿和夫（未來(lái)機(jī)關(guān)會(huì)長(zhǎng)·第一支部支部長(zhǎng)）。

在一個(gè)晴朗明媚的日子里，自稱廢柴的學(xué)生君逆回十六夜（淺沼晉太郎 配音）、溫柔善良愛(ài)護(hù)小動(dòng)物的春日部耀（中島愛(ài) 配音）以及高傲自大的大小姐久遠(yuǎn)飛鳥(niǎo)（布里德卡特?塞拉?惠美 配音）各自收到一封邀請(qǐng)函，信中說(shuō)道：“告知煩惱眾多、擁有異能的少男少女，如果期望一試自己的才能，那么就拋棄世上的一切，到我等的‘箱庭’來(lái)”。原來(lái)他們?nèi)司鶠閾碛谐芰Φ膯?wèn)題兒童。似乎接受了邀請(qǐng)，他們被拋入風(fēng)景秀美的箱庭世界，并遇見(jiàn)說(shuō)明人黑兔（野水伊織 配音）。十六夜他們得知，必須運(yùn)用天賜的特異功能在箱庭進(jìn)行難度不等的神魔游戲。不按常理出牌的主人公以及藏著無(wú)數(shù)秘密的箱庭，一切變得好玩起來(lái)……

克隆戰(zhàn)爭(zhēng)進(jìn)行到了第四季，故事將從納布星球的一場(chǎng)水下戰(zhàn)役開(kāi)始....

　　雙子の姉妹エレインとダイアナは、生まれながらにして生體エネルギー“ヴァジュラ”の力を秘めていた。2人の精神が融合する時(shí)、超生命體“ジェノサイバー”が誕生した。 いま、ジェノサイバーと人類との半世紀(jì)にわたる戦いが始まる。