SIDE6沉浸在一片安宜祥和的氣氛中，這里遠(yuǎn)離戰(zhàn)場(chǎng)，幾乎從未發(fā)生過什么戰(zhàn)事，駐守在這兒的聯(lián)邦軍的部隊(duì)也并不多，這一點(diǎn)，并不使少年阿魯高興，因?yàn)樗且粋€(gè)軍事迷，渴望看一下激烈的戰(zhàn)斗場(chǎng)面。一日阿魯正與朋友們交流時(shí)，殖民地內(nèi)發(fā)生了騷動(dòng)，這是由吉恩的小股偵察部隊(duì)與聯(lián)邦發(fā)生的沖突所引致，不久，一架受了傷的扎克（改），掠過阿魯?shù)纳峡眨瑝嬄湓陔x他不遠(yuǎn)的林間草坪上。
　　被擊落的吉恩新兵巴尼，用自己的軍銜章?lián)Q取了阿魯?shù)臄z影機(jī)磁卡，這里面記錄有阿魯從聯(lián)邦的工廠里到的MS組裝畫面。此外，還有幾日前從地球搬來的阿魯家的鄰居紅發(fā)女郎克麗絲的倩影。巴尼獲取的情報(bào)，引起了吉恩軍的注意，他們立即組建了一支突擊小隊(duì)，執(zhí)行破壞高達(dá)的任務(wù)。于是，巴尼所在的小隊(duì)，依靠一場(chǎng)小規(guī)模的戰(zhàn)斗的混亂，再度潛入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次與阿魯相遇。
　　理想成為MS駕駛員的少年阿魯，自愿為吉恩突擊小隊(duì)偵察聯(lián)邦軍的秘密基地的位置，并與監(jiān)視他的青年巴尼成為了好友。一日，巴尼在阿魯?shù)拇跋屡c克麗絲邂逅，這為巴尼的監(jiān)視任務(wù)帶來一分情趣。同時(shí)，在突擊小隊(duì)的秘密倉庫中，對(duì)高達(dá)用新型MS--坎普瑪正在組裝中，計(jì)劃在圣誕節(jié)前，完成破壞阿歷克斯的任務(wù)。一切準(zhǔn)備工作完成后，破壞高達(dá)作戰(zhàn)展開，由吉恩老兵駕駛的坎普瑪，將駐守的聯(lián)邦部隊(duì)打得落花流水，并與突擊小隊(duì)配合，很快到達(dá)了停放阿歷克斯的秘密工廠，阿歷克斯NT-1倉促應(yīng)戰(zhàn)，并以性能的優(yōu)勢(shì)將坎普瑪擊敗。至此，吉恩突擊小隊(duì)作戰(zhàn)失敗，小隊(duì)除巴尼以外全員戰(zhàn)死。
　　吉恩突擊小隊(duì)作戰(zhàn)失敗后，小隊(duì)唯一幸存者巴尼接到了立即撤離SIDE6的指示。因?yàn)榧鬈姏]有機(jī)會(huì)再組織力量破壞高達(dá)，于是他們打算圣誕夜之前，用核彈摧毀整個(gè)宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿魯立即通知家人與克麗絲盡早離開殖民地，但遭到阿魯?shù)姆磳?duì)。阿魯希望自己心中的優(yōu)秀駕駛員巴尼，能擊潰阿歷克斯挽救殖民地的命運(yùn)，于是巴尼只得一個(gè)獨(dú)自離開。
　　警方無法相信阿魯?shù)膱?bào)警，置之不理。同時(shí)，吉恩軍搭載核彈頭的攻擊艦已駛離母艦。阿魯面對(duì)朋友與家人幾欲絕望，此刻在機(jī)場(chǎng)，巴尼正猶豫不決，最終，他下定決心，為了阿魯與心愛的克麗絲，以及殖民地的人們，向阿歷克斯發(fā)出最后的挑戰(zhàn)。在阿魯?shù)膮f(xié)助下，他修復(fù)了初次襲擊SIDE6時(shí)被擊落的扎克，用唯一的武器--能量斧對(duì)NT-1發(fā)起了攻擊。與此同時(shí)，阿魯從父親的口中得知了吉恩軍將于數(shù)日后簽定終戰(zhàn)協(xié)議，他飛奔著跑向巴尼戰(zhàn)斗的地方，但在他面前支離破碎的NT-1的光束劍，已刺穿了扎克的座艙。而救護(hù)人員從NT-1的座艙中搶救出的聯(lián)邦駕駛員那一頭秀麗的紅發(fā)，更使阿魯呆然……

　　公元1999年，面臨人口,資源,環(huán)境各方面危機(jī)的人類社會(huì)終于為攜手開創(chuàng)新時(shí)代而實(shí)現(xiàn)統(tǒng)一，成立地球聯(lián)邦政府，并發(fā)表人類宇宙移民計(jì)劃。之后為了保證地球圈的安定與和平，2009年，地球聯(lián)邦軍正式建立。2045年，第1號(hào)太空殖民衛(wèi)星開始動(dòng)工建造，之后陸續(xù)又建起許多殖民衛(wèi)星，并根據(jù)宙域?qū)⑵鋭澐譃镾IDE1至SIDE7七個(gè)區(qū)域。當(dāng)人類開始向最初的衛(wèi)星移民時(shí)，人類歷史便進(jìn)入了宇宙世紀(jì)，紀(jì)元亦改為宇宙世紀(jì)(簡(jiǎn)稱U.C)0001年，那一年地球總?cè)丝谝淹黄?0億大關(guān)。U.C.0027年，第一座月面永久型都市“馮·布拉文”完工，此后至0040年為止，實(shí)現(xiàn)了總?cè)丝诘?0％(約50億人)向宇宙的移民。0045年，小行星尤諾進(jìn)入月球軌道并開始周期性穩(wěn)定運(yùn)行，后稱為路納Ⅱ(LUNAR2)。0050年，人類總?cè)丝谝堰_(dá)110億，其中90億為宇宙移民。然而，地球聯(lián)邦政府并未制定確保宇宙移民權(quán)利的有力政策，仍然以地球?yàn)橹行模由下?lián)邦內(nèi)官僚主義風(fēng)氣日盛，使宇宙移民的不滿情緒上漲……