《最后的99天》取材于真實(shí)的歷史事件，講述了解放前夕，在距新政協(xié)預(yù)定的會(huì)期還有99天之際，上海地下黨為了爭取并掩護(hù)民主人士北上參加第一屆新政協(xié)會(huì)議，一對同父異母的兄弟即共產(chǎn)黨人肖昆和國民黨軍官肖鵬之間，展開殊死搏斗的故事。

　　田大宇結(jié)婚前體檢時(shí)發(fā)現(xiàn)腦部長有輕微腫瘤，未婚妻、刑警郝敏（伊春德 飾）帶他到醫(yī)院做手術(shù)，本來一個(gè)常規(guī)的外科手術(shù)對海歸博士沈知魚（蘇可 飾）來說小菜一碟，但由于術(shù)后用藥馬培德（陳建斌 飾）動(dòng)了手腳，田大宇死于非命，不明就里的沈知魚內(nèi)疚萬分，院方停止了他的處方權(quán)。本來痛恨沈知魚的郝敏憑刑警的觀察和分析，覺得未婚夫的死并不是單純的醫(yī)療事故，她逐漸改變了對沈的看法，而同時(shí)沈知魚發(fā)現(xiàn)護(hù)士長杜娟（潘曉莉 飾）好象知道什么。離異的杜娟一直暗戀著馬培德，但馬喜歡的是葉如琴（傅淼 飾），當(dāng)他知道杜娟掌握著他下黑手的罪證時(shí)，對杜大獻(xiàn)殷勤，但良心的拷問還是讓杜娟決定揭露真相，狗急跳墻的馬培德又對杜下了黑手。郝敏和沈知魚從中嗅到了什么……

　　邱英杰是一名民警，工作勤懇，性格溫和。他的妻子于若華是小學(xué)教師，善良賢淑，五歲的兒子邱月亮聰明可愛，一家人的生活幸福美滿。
　　一天，邱英杰的初戀女友王曉紅突然找到他，稱自己無力撫養(yǎng)女兒毛毛，求他幫忙把孩子送到孤兒院去，這令邱英杰非常訝異。經(jīng)過王曉紅這么一打岔，有些精神恍惚的邱英杰在出警時(shí)不慎被一個(gè)武瘋子砍傷入院。于若華擔(dān)心不已，悄悄托自己的好友陳莉?yàn)樗麚Q工作。
　　派出所收留了一個(gè)叫棟棟的流浪兒，他始終不肯說出自己的父母和住址，無奈邱英杰暫時(shí)把他領(lǐng)回了家，一家人對棟棟十分友善。邱英杰為換工作的事和于若華發(fā)生矛盾，于是獨(dú)自帶著月亮和棟棟去游樂園玩。其間，邱英杰去抓小偷，當(dāng)他回來時(shí)卻發(fā)現(xiàn)月亮不見了。
　　月亮下落不明，于若華的父母和兄嫂不斷指責(zé)邱英杰。邱母不堪打擊，突發(fā)腦溢血身亡，邱英杰自責(zé)不已。原本怨恨他的于若華卻諒解了丈夫，夫妻兩人在痛苦中互相安慰。陳莉也始終陪伴、幫助著他們。棟棟見狀說出了自己的父親趙志宏的電話，被送回了家。
　　大家四處尋找月亮但始終沒有結(jié)果，一次次失望的打擊令夫妻倆身心疲憊不已。棟棟因父親整日借酒消愁又跑到了邱家。陳莉送棟棟回家時(shí)發(fā)現(xiàn)他的父親正是自己以前的委托人趙志宏，他官司敗訴后落得傾家蕩產(chǎn)。陳莉過意不去，為他介紹了一份工作。
　　邱英杰出警抓獲了正在進(jìn)行不法活動(dòng)的李強(qiáng)，卻驚訝地發(fā)現(xiàn)李強(qiáng)的妻子竟然正是王曉紅。王曉紅和李強(qiáng)因?yàn)槲驹缫驯娕延H離，如今被捕后他們的女兒毛毛也落得無家可歸。邱英杰不忍心，把毛毛帶回了家，將她的身世如實(shí)地告訴了于若華，于若華氣不過跑回娘家，于若華的兄嫂知道后張羅著要將毛毛送給別人家收養(yǎng)。善良的于若華看著這個(gè)可憐的孩子又不禁同情起來，幾經(jīng)掙扎，她還是以寬容之心接納了毛毛，對她悉心照顧。
　　因?yàn)檎以铝燎废麓蠊P外債，為了還款邱英杰和于若華無奈之下只得將房子賣出，陳莉見狀讓他們搬到自己家的老房去住。兩人用剩下的錢買了輛
　　二手車，駕車四處找月亮。一次，因?yàn)檫^于疲倦，邱英杰差點(diǎn)出
　　車禍。于若華心疼不已，偷偷去學(xué)駕駛，受到了駕校同學(xué)顧威的熱情幫助。
　　王曉紅獲釋后將毛毛接回了家，邱英杰放心不下去看毛毛，卻得知王曉紅為了買毒品竟然將毛毛賣掉了。邱英杰和于若華雖然憤怒不已，但還是拿出家里的積蓄送王曉紅去戒毒所戒毒。不久，被賣到山西的毛毛被找到了，邱英杰把她接回了家。棟棟的父親被公司派去上海工作，于若華于是把棟棟也帶回自己家照顧。四個(gè)人組成了一個(gè)特殊的家庭，生活雖然清苦但也其樂融融。
　　邱英杰和于若華一面悉心照料著沒有血緣的孩子，一面繼續(xù)尋找走失的兒子。邱父提出讓他們再生一個(gè)孩子，可就正此時(shí)，于若華突然被查出子宮內(nèi)有非常嚴(yán)重的肌瘤需摘除，而這意味著她將失去生育能力。于若華不愿做手術(shù)，眾人都為她擔(dān)心不已。棟棟和毛毛救于若華心切，傾囊而出卻買到了假藥。但孩子們的苦心還是深深打動(dòng)了于若華，她終于同意進(jìn)行子宮摘除手術(shù)。
　　王曉紅戒毒成功后決心改過自新，但找工作頻頻碰壁。在于若華的拜托下，顧威將王曉紅招進(jìn)了公司，兩人在相處中產(chǎn)生了感情。顧威帶著王曉紅和毛毛去鄉(xiāng)下開始了新生活，在那里他們偶然間發(fā)現(xiàn)了月亮的下落。于是邱英杰和于若華在家人及朋友們的陪伴下一起踏上了接子之路……