美麗可愛的月野兔（三石琴乃 配音）是一名正救讀初中的女孩，她學業(yè)平平，任性嬌弱，儼然是生活在大都會普普通通的女孩子們中的平凡一員。可是，在遇到了那只會說話的小貓露娜之后，月野的人生發(fā)生天翻地覆的變化。她不僅可以變身成為擁有神奇能力的水手月亮，還漸漸知曉了自己前世今生的秘密。為了保衛(wèi)地球，挫敗黑暗帝國的野心，月野和水野亞美（久川綾 配音）、火野麗（富澤美智惠 配音）、木野真琴（篠原惠美 配音）、愛野美奈子（深見梨加 配音）等人結成美少女戰(zhàn)士，與罪惡展開了連番激戰(zhàn)，在此過程中，她與命中注定的愛人地場衛(wèi)（古谷徹 配音）的浪漫戀情也悄然上演……
　　本片根據(jù)漫畫家武內(nèi)直子的經(jīng)典同名原著改編。

位于東京西部的巨大“學園都市”。在總人口達230萬人，其中約8成是學生的這座都市中，實施著超能力開發(fā)的特殊課程，學生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價。高中生上條當麻，也是住在學園都市的學生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評價為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生。而上條的學生生活，由于暑假開始時從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學園都市的“科學”方、與茵蒂克絲關聯(lián)的“魔法”方，在驚險地解決雙方事件的過程中，他的人際關系也逐步擴展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。如同呼應魔法方一般，科學方的學園都市也有所動作。但也有與逐漸開始對立的世界動向抗爭的人不斷出現(xiàn)。那些通過與上條有所關聯(lián)，而使命運大為改變的“英雄”們。他們挺身而出與世界對峙。如同上條當麻做過的那樣?？茖W與魔法第三次交織之時，故事將大幅推進??！

東京街頭，數(shù)具男性尸體被發(fā)現(xiàn)，這是一場由“喰種”引發(fā)的大騷亂。大學生金木研（花江夏樹 配音）原以為這一切離自己很遙遠，直到一個夜里，他被自己心愛的女生襲擊，原來她竟是以人肉為食的喰種。生命垂危的金木通過器官移植手術，才得以僥幸存活。而移植到金木體內(nèi)的器官，來源竟然是喰種。                                    
                               　　痊愈后，金木發(fā)現(xiàn)自己的身體有了某種奇怪的變化，他的一只眼睛出現(xiàn)喰種反應，而且他再也無法進食正常人的食物。讓他感到可怕的是，他開始覺得“人類”才是滿足自己食欲的對象。曾經(jīng)只是一個普通人類的金木，難道從此走上狩獵人類、吞食尸體的喰種之路？