1945年，程慈航作為一名游學(xué)歸來(lái)的刑偵專(zhuān)家，剛剛在碼頭遇到了一場(chǎng)險(xiǎn)情。一只鐵箱成為了多方勢(shì)力爭(zhēng)奪的焦點(diǎn)，里面存放著日軍細(xì)菌武器的絕密檔案。鐵箱被警察廳廳長(zhǎng)莫采石存放在檔案館的密室里，然而在一夜之間卻神秘失竊，案情從此變得撲朔迷離不可捉摸。
　　程慈航意識(shí)到此案件的重要性，因?yàn)樗鼱砍兜饺哲姷拿孛芗?xì)菌武器。他決定向長(zhǎng)期以來(lái)的“叔叔”莫采石請(qǐng)戰(zhàn)，希望能夠揭開(kāi)這一謎團(tuán)。總署刑偵警察局局長(zhǎng)霍然隨即特聘程慈航為布衣偵探，授權(quán)他調(diào)查此案。程慈航上任后，迅速發(fā)現(xiàn)了一些蛛絲馬跡，并逐步接近真相。然而，他卻屢遭阻撓，每當(dāng)他接近關(guān)鍵線索時(shí)，總有人先他一步將相關(guān)人員殺害，使得案件的幕后黑手更加神秘。程慈航將如何解開(kāi)這個(gè)撲朔迷離的案件，找到失蹤的檔案，以及揭示幕后黑手的真正身份，這一切都將在劇中逐步揭曉。

平日里游手好閑看似極不靠譜的私立不動(dòng)高中二年級(jí)生金田一（堂本剛 飾）卻是個(gè)智商很高的推理天才，他和青梅竹馬的美女七瀨美雪（友坂理惠 飾）、警部劍持勇（古尾谷雅人 飾）等伙伴和朋友，攜手解決了不少棘手事件。且金田一解決事件的方法比較特別，他依賴(lài)于貨真價(jià)實(shí)的證據(jù)，再依照證據(jù)來(lái)思索和推理，由此及彼，再由彼及此，這樣循環(huán)往復(fù)，最終推理出犯罪兇手。而對(duì)于兇手，金田一并不是要把兇手逼向絕境，而是給予其舍生處地的想法，最后加以規(guī)勸，使兇手最后以自首結(jié)束。借由金田一我們一起進(jìn)入不思議的案件當(dāng)中。本劇改編自同名漫畫(huà)，是系列作的第二部。

　　該劇講述了張家養(yǎng)子張衛(wèi)東與池小潔自幼青梅竹馬，但倆人卻在改革開(kāi)放，世事變遷的歷史洪流中，雖幾經(jīng)沉浮卻始終堅(jiān)守己心的故事。

　　飛鴻自小喪母，跟隨父親黃麒英四處流浪，在街頭賣(mài)藝賣(mài)藥為生。飛鴻生性聰明，沖動(dòng)好勝，愛(ài)抱打不平，又自恃武功了得，常以武力替人出頭。麒英雖然也富正義感，亦是一代宗師，唯不主張兒子凡事以武力解決，只希望兒子可以用心習(xí)醫(yī)，繼承自己衣砵做個(gè)出色的跌打醫(yī)師。孝順的飛鴻亦盡量聽(tīng)從父親，在父親面前盡量裝作乖乖仔，事事都由父親出頭，因知道麒英不認(rèn)同甚么集各家之大成，于是瞞著父親偷偷研習(xí)各家各派武功，但只要父親不在，其不平則鳴之性格便會(huì)毫無(wú)隱藏地表露無(wú)遺。
　　二人自飛鴻母親離世后，便因?yàn)椴皇芡瞿竿饧覛g迎而離開(kāi)佛山。這次適逢流浪到廣州，飛鴻又很想回鄉(xiāng)，麒英便答應(yīng)返佛山一行。二人回到佛山，始知飛鴻外祖父母已經(jīng)移居花旗國(guó)，只有亡母的妹妹寶姨一人因?yàn)樘踊?、沒(méi)多久前才回到佛山，還打算經(jīng)營(yíng)一家西茶館。寶父母家境不錯(cuò)，只覺(jué)當(dāng)日女兒委身下嫁一個(gè)武夫，最后更病故，故對(duì)麒英有所埋怨。寶曾于國(guó)外居住，思想洋化，與有點(diǎn)迂腐守舊的麒英常常斗氣，后來(lái)卻發(fā)生了微妙的感情。
　　飛鴻甫到了佛山，熱心助人之性格未改。先是遇上懦弱怕事的豬肉佬林世榮，豬肉榮與街市一干小販常被果欄小惡霸簡(jiǎn)堅(jiān)欺凌。飛鴻替眾人出頭，還教曉豬肉榮可以武自強(qiáng)。經(jīng)此一役后，飛鴻開(kāi)始教世榮功夫，也收了另一個(gè)徒弟牙擦蘇，唯阿蘇有讀書(shū)天份，但學(xué)功夫又是另一回事，常鬧出不少笑話。
　　戴嘯天乃佛山蔡李佛門(mén)下的大弟子，但竟然亦是麒英收過(guò)的唯一一個(gè)徒弟。嘯天跟妹妹小婷本乃一富裕商人之子女，多年前父親死前托孤給麒英，麒英收嘯天為徒弟，但嘯天卻誤會(huì)麒英把亡父遺下的拳譜吞占，毅然帶著妹子另奔前程，過(guò)著清苦的流浪生活。
　　時(shí)佛山有一米商之獨(dú)子梁寬聞得飛鴻竟然能以一敵十救出豬肉榮，剛對(duì)功夫產(chǎn)生興趣的他竟然跑去挑戰(zhàn)飛鴻！飛鴻胸襟廣闊，真性情兼毫不記仇，而梁寬眼見(jiàn)飛鴻對(duì)一班徒弟儼如對(duì)兄弟手足一樣，漸被感化，最后更化敵為友，跟飛鴻學(xué)起武功來(lái)。
　　飛鴻被一少女桂蘭打荷包，捉住之更要送之往官府，后來(lái)知道桂蘭乃孤兒，偷錢(qián)只是望為一直照顧自己、跟自己情同姊妹的妓女玉如贖身，飛鴻因而放過(guò)桂蘭一馬。而玉如其實(shí)是嘯天的紅顏知己，嘯天也希望籌錢(qián)替玉如贖身◇來(lái)飛鴻知道桂蘭一直希望尋回親生父母，愿意幫手。飛鴻終于幫桂蘭找到親生父母，竟是佛山首富莫天龍！莫天龍表面是個(gè)殷實(shí)商人，白手興家，在佛山南海一帶算是富甲一方，平日行善積德，唯暗地里走私犯毒無(wú)惡不作。
　　時(shí)有外國(guó)人挑戰(zhàn)佛山各大門(mén)派，天龍組成一武術(shù)隊(duì)迎戰(zhàn)，派嘯天出戰(zhàn)，可是嘯天竟然敗陣！外國(guó)人希望飛鴻可以參賽，初時(shí)飛鴻拒絕，因?yàn)椴豢袭?dāng)天龍走狗，天龍?jiān)O(shè)法迫飛鴻屈服◇來(lái)飛鴻無(wú)意發(fā)現(xiàn)原來(lái)天龍跟外國(guó)人勾結(jié)，欲將干隆王遺失的玉璽偷運(yùn)出國(guó)，飛鴻認(rèn)為有辱國(guó)體，為了阻止此事發(fā)生，也為了接近天龍查得更多資料，毅然答應(yīng)代表天龍武館出賽！
　　麒英及所有人誤會(huì)飛鴻選了歧途，麒英于是親自踏上擂臺(tái)挑戰(zhàn)飛鴻，寧可親手將兒子打死，也不想讓飛鴻繼續(xù)錯(cuò)下去！麒英卻不知原來(lái)飛鴻一方面做臥底，另一方面希望阻止國(guó)寶被運(yùn)出國(guó)◇來(lái)計(jì)劃卻被天龍悉破，天龍更捉去小婷要脅飛鴻跟父親作生死斗！同一時(shí)間，玉璽正要被運(yùn)送出國(guó)，飛鴻一方面吩咐寬去阻止國(guó)寶被運(yùn)走，自己則希望可以在眾人面前揭穿天龍的陰謀……

　　1898年的天津，戊戌變法失敗后，譚嗣同的師妹展嘉蓉和楊殿起用炸彈炸死了一個(gè)朝廷高官。
　　天津豆腐王的兒子傻二身懷“辮子功”絕技，他被當(dāng)作“炸彈案”的替罪羊而抓進(jìn)牢房。出獄后的傻二又開(kāi)罪了混混玻璃花，后者鼓動(dòng)一幫武林高手跟他打擂臺(tái)，得勝后的傻二名聲大振，被奉為“神鞭”。
　　傻二在眾人的幫助下開(kāi)了武館教功夫，隨著義和團(tuán)運(yùn)動(dòng)的興起，他又被眾人慫恿成了領(lǐng)袖。在八國(guó)聯(lián)軍槍炮的面前，傻二發(fā)現(xiàn)自己的辮子功根本無(wú)能為力，覺(jué)悟后的他決定讓兒子讀書(shū)而不是習(xí)武，自己則參加了革命軍，練成神槍手重振雄風(fēng)。

　　松濱市，一伙潛伏在我國(guó)的特務(wù)竊取了“110機(jī)密”后，通過(guò)密電通知國(guó)外特務(wù)前來(lái)轉(zhuǎn)移。人算不如天算，這份密電被公安機(jī)關(guān)截獲并破解了。得知了特務(wù)的陰謀后，公安偵察科的科長(zhǎng)石巖（雷明 飾）和一班手下開(kāi)始了特務(wù)斗志斗勇的游戲。隨后，一名有份參與這次行動(dòng)的特務(wù)在列車(chē)上被人擊斃了，使得案情更加撲朔迷離。這場(chǎng)貓捉老鼠的游戲最終鹿死誰(shuí)手？