明朝天啟末年，朝廷暗藏著一場宮變，天啟皇帝病危待亡，卻無子嗣繼位，唯一的骨肉便是皇弟朱由檢。大內(nèi)總管魏忠賢陰謀用宮女的嬰兒冒充太子承繼大統(tǒng)，以保住閹黨的榮華富貴。不料，那宮女卻生下一個女嬰。這時，已被驅(qū)逐出京的朱由檢被錦衣衛(wèi)捕回宮中，以為自己將被殉葬，萬沒料到竟繼位成為崇禎皇帝。而宮女帶著女嬰逃至揚州，起名陳圓圓。
陳圓圓一日當中被賣了三次，落入妓院學藝。長成后，成了名滿天下的歌妓。
崇禎即位后，立志中興大明。然而朝廷始終內(nèi)憂與外患。內(nèi)憂是由于天災(zāi)全國饑民過半，中原一帶以高迎祥、李自成為首的農(nóng)民軍蜂起；外患是關(guān)外的后金叛軍壓境，皇太極登基開國虎視關(guān)內(nèi)。崇禎始終處于巨大的危機中，苦心竭慮地試圖挽救大明。
陳圓圓被大太監(jiān)王承恩選入宮中侍駕，她屢屢抗拒崇禎“圣寵”，卻愛上了吳三桂。
中原農(nóng)民軍被朝廷官軍圍困在車廂峽，即將全軍覆沒。正當崇禎調(diào)兵將想一舉全殲時，皇太極揮師南侵，兵臨京城。萬急時，崇禎堅持拒和迎戰(zhàn)，率軍民擊退了皇太極，但中原義軍又逃出生天，再度恢復生機。
崇禎把堅持“謀和”的薊遼總督袁崇煥凌遲處死，讓吳三桂升任寧遠主將，為籠絡(luò)其心，將陳圓圓賞賜給他，讓他們奉旨成婚，婚后三天，吳三桂北赴邊關(guān)，陳圓圓重返宮廷淪為人質(zhì)。
高迎祥、李自成攻克鳳陽，張獻忠掘皇陵，大勝之時農(nóng)民軍內(nèi)部發(fā)生了分歧……崇禎得知鳳陽皇陵被毀，痛徹心肺，不食葷腥，孝衣理政。他迅即用全國力量來剿殺農(nóng)民軍，闖王高迎祥被捕，押送京城處死，張獻忠也投降了官軍，李自成繼承了闖王之位。
后金日漸強勝，已完成了入關(guān)南侵的所有準備，就在出兵前夕，皇太極卻發(fā)腦中風而亡，后金宮廷也隨之陷入了奪位之爭。勤政殿上親王多爾袞與皇長子豪格領(lǐng)著各自的旗主橫刀相向，萬急時刻，莊妃在降臣洪承疇的指點下趁勢將小皇子福臨推上了皇位，是為順治帝，而多爾袞成為攝政王，后金復歸穩(wěn)定。而莊妃為了福臨的安危與后金未來，也屈身侍奉多爾袞。
李自成為闖王后率農(nóng)民軍席卷全國，迅速逼近京城……
崇禎拒絕遷都，決心守城應(yīng)戰(zhàn)到底，但這時人心盡喪，兵無斗志，臣子如鳥獸散。破城前夕，崇禎殺死親生骨肉，自盡于煤山，大難中，陳圓圓救下三歲的小皇子。李自成進京后，開國大順，登基為帝并搜捕小皇子，同時他極力拉攏駐守在山海關(guān)的吳三桂，同時，關(guān)外的多爾袞也在勸降吳三桂。
李自成的部將劉宗敏愛上了陳圓圓，強行住進吳府。
吳三桂終于決定“歸漢不歸夷”率軍歸降李自成，但在進京路上遇見管家，驚聞父親被義軍殺死，愛妾被劉宗敏強占……吳三桂怒發(fā)沖冠，立刻調(diào)頭返回山海關(guān)。關(guān)前吳三桂又遇見親自來勸降的莊妃與洪承疇，同意“順清”，并借清兵剿滅大順軍，以圖光復大明。
多爾袞為利用吳三桂，封其為平西王，并與他殺馬為誓，將八旗軍全交給他指揮。
京郊，清軍、吳三桂的騎兵合擊大順軍，李自成兵敗，只得匆匆退出北京，臨行前，劉宗敏不舍陳圓圓，強行帶走了她，吳三桂大勝，但他想進京與陳圓圓相會時，卻發(fā)現(xiàn)整個京城都住滿了八旗軍，多爾袞甚至不準吳三桂進城祭奠崇禎與家父，嚴令他繼續(xù)追殺大順軍。吳三桂只得在城外遙遙拜祭，之后立刻統(tǒng)兵追殺殘余的大順兵，同時尋救陳圓圓。
山野，吳三桂與負傷的劉宗敏決斗，陳圓圓牽著小皇子奔來，試圖阻止，但苦勸無效，她眼見著吳三桂殺死了善良的劉宗敏?！簿瓦@時，李自成也在深山力戰(zhàn)而亡，京城里小順治被迎上了太和殿，滿清占領(lǐng)了天下。吳三桂與陳圓圓破鏡重圓了。
首先，多爾袞“以漢剿漢”令吳三桂南下追剿大明殘余。在進兵路上，天下百姓都在唾罵吳三桂與陳圓圓，認為這一對癡男怨女是禍水，禍國殃民導致了大明滅亡，這時吳三桂倍感痛苦與悲憤……
接著，多爾袞在全國范圍內(nèi)搜殺“朱三太子”，而這個小皇子正依偎在陳圓圓懷抱中，相互之間已親如姐弟……最令吳三桂痛苦的是，這時的陳圓圓突然懷孕了，吳三桂搞不清陳圓圓肚里孩子是自己的？崇禎的？還是劉宗敏的？……甚至連陳圓圓也搞不清。吳三桂覺得自己作為一個男子漢，忍受著天下最大屈辱！當滿清密使要進軍營搜查朱三太子時，吳三桂為了避免災(zāi)難纏身，當著陳圓圓的面，竟然憤恨的摔死那個三歲的小皇子！……劇痛之下，陳圓圓暈倒。
黎明時，吳三桂命令拔營南下，當他走進陳圓圓帳中時，只看見一把扯斷銀弦的琵琶，從此陳圓圓不知所終……
至此，崇禎年間大明、滿清、大順三方，改朝換代中的風云人物，流入歷史長河……
