不久的將來，網絡黑客尼奧（基奴李維斯 飾）對這個看似正常的現(xiàn)實世界產生了懷疑。他結識了黑客崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），并見到了黑客組織的首領墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）。墨菲斯告訴他，現(xiàn)實世界其實是由一個名叫“母體”的計算機人工智能系統(tǒng)控制，人們就像他們飼養(yǎng)的動物，沒有自由和思想，而尼奧就是能夠拯救人類的救世主。
　　可是，救贖之路從來都不會一帆風順，到底哪里才是真實的世界？如何才能打敗那些超人一樣的特勤？尼奧是不是人類的希望？這是黑客的帝國，程序和代碼歡迎大家的到來。.

　　上一部結尾，尼奧（基奴李維斯 飾）終于意識到自己的能力和使命，中彈復活后，變成了無所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），艦長墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）回到了人類的基地錫安，受到人們的熱烈歡迎。
　　此時，“母體”決定先下手為強，派出了兩萬五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧和崔妮蒂則再次進入“母體”，尋找“制鑰者”，準備從內部破壞；而本該被尼奧消滅的特勤史密斯似乎出了點問題，脫離了“母體”的控制，擁有可怕的復制能力，阻礙尼奧他們的行動。