事情起源于二十年前。大地隆起，日本的神奈川縣在分離之后就被孤立。以后在神奈川出生的少數(shù)人就懂得運用阿爾達(dá)超能力。阿爾達(dá)超能力（Alter）是一種能夠?qū)⑽镔|(zhì)分解再構(gòu)成的力量……數(shù)馬和劉鳯是對立的，因為所屬的地方不同。數(shù)馬是一個為了錢而生活的人，以自己的超能力來為自己獲得金錢，從而滿足自己的生活。劉鳯是一個為了找尋阿爾達(dá)結(jié)晶體，為自己的媽媽報仇而加入圣堂/神圣部隊（HOLY）的人。圣堂是由阿爾達(dá)超能力者組成的警察部隊，為了保護沒有超能力者、制止超能力犯罪而設(shè)立，所以圣堂的人會捕捉周圍土生的超能力者。該日數(shù)馬和劉鳯的相見就是因為圣堂的一次行動而促成…………

　作為動畫3期的先行，以《搖曳百合：暑假時光+》為題的新作動畫將分別于2015年8月和9月各放送1話，內(nèi)容則是2014年11月上映的《搖曳百合：暑假時光》的后續(xù)

　　奧京都から逃げてきた鈴木凜（小鉄）は、かつて兄のいた東京の探偵事務(wù)所の所長、久遠(yuǎn)美保のもとに身を寄せる。一方、裏社會で傀儡師として有名な御門竜也は、久遠(yuǎn)美保殺害の依頼を受ける。そのためには小鉄が障害になると考えた竜也は、小鉄を狙う。だが、何度か対決して行くうちに、2人は徐々に意識しあう仲になってしまう。やがて、依頼人が自殺したことにより、竜也は小鉄を狙う理由はなくなった。以後竜也は小鉄の味方になるとともに、2人の仲も次第に深まる。そんな中、東西に分かれた裏社會のうち、竜也たちの屬する東側(cè)に、西側(cè)の人間である影鰐が入りこんでくる。これがきっかけで東西の裏社會どうしで騒動が起き、小鉄たちもその中に巻き込まれていく。様々な難敵との闘いや出來事の末、裏社會の騒動は東側(cè)の勝利に終わった。