為了成為合格的神奇寶貝訓(xùn)練師，小智（松本梨香 配音）、天桐（宮野真 配音）、艾莉絲（悠木碧 配音）帶著各自的小伙伴繼續(xù)修業(yè)之旅。這次他們來到了美麗的山中小鎮(zhèn)艾茵多奧克參加神奇寶貝的比賽，并在此遇到了傳說中擁有神奇力量的神奇寶貝比克提尼（水樹奈奈 配音）。 　　早在一千多年前，艾茵多奧克所在的土地上有一個(gè)美麗富饒的大地之鄉(xiāng)，可是兩個(gè)王子分別帶著黑龍杰克羅姆（高橋英樹 配音）和白龍雷西拉姆（谷原章介 配音）發(fā)生爭斗，令國家崩潰在即。老國王借助比克提尼的力量暫時(shí)穩(wěn)定住了龍脈，而大地之鄉(xiāng)則從此凋零。作為大地之鄉(xiāng)的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克羅姆，于是決定重建失落已久的故土……

小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇見了危險(xiǎn)的風(fēng)暴，流落到了橘子群島中的亞西亞島上，這里即將舉行熱鬧的大型慶典，而小智在意外之中遇見了慶典的圣女弗盧拉（平松晶子 配音）。弗盧拉選中了小智作為慶典的“指揮者”，他的任務(wù)是前往三圣島，找到隱藏在島上的玻璃球。只有集齊三顆玻璃球，才能夠正式開啟慶典。

在電影開始開篇，場景好像被設(shè)置在一片大森林中。在森林內(nèi), 一聲強(qiáng)力的呼救被一個(gè)叫Yukinari的男孩聽到了。Yukinari是一個(gè)在殘酷社會(huì)中比較天真的男孩，但這次經(jīng)歷對(duì)他來說是可能使他終身受益。 　　當(dāng)他進(jìn)入森林的時(shí)候,他遇見一個(gè)叫Mika的少女。Mika大概是森林的監(jiān)護(hù)人, 而且與 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人給這里帶來了麻煩，Yukinari將幫助Mika擺脫這些伐木者。這時(shí)Mika向Yukinari解釋了森林現(xiàn)在存在的危險(xiǎn)，以及他們必須在有限的時(shí)間內(nèi)尋找她所需要的某個(gè)答案。突然，雪比拉出現(xiàn)了，將他們帶入了40年后的時(shí)代。 　　在那里，他們遇見了我們的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari還有某種血緣關(guān)系。與此同時(shí)，火箭隊(duì)的成員之一Bisashu也在積極的尋找著雪比拉。這個(gè)男人帶著一個(gè)金屬頭盔站在...

據(jù)說基拉祈只有一千年才會(huì)醒來一次，吸收千年彗星的力量，反哺給大地，從而使得法恩斯成為欣欣向榮的圣地。但就在這次蘇醒前夕，魔術(shù)師巴特勒與他的女友兼助手黛安，將包裹基拉祈的結(jié)晶發(fā)掘并從法恩斯帶走。 　　為了觀看千年彗星出現(xiàn)的那一瞬間，小智一行人前往將舉辦千年彗星慶典的游樂場。當(dāng)他們跑到指南上所描述的地點(diǎn)時(shí)，卻失望地發(fā)現(xiàn)這里是一片荒涼的空地。由于天色已晚，他們便在這里吃晚飯，并決定在此露營過夜。深夜，當(dāng)大家都在睡夢中時(shí)，一群車隊(duì)從山的那頭駛過來，驚醒了小智一行人。在游樂場的小市上，小遙買下了一款掛飾“圓夢之星”，據(jù)說，在可以看見千年彗星的七天之間，每天晚上都默念愿望，折入一個(gè)星星的角，等第七個(gè)夜晚結(jié)束的時(shí)候愿望必定會(huì)達(dá)成。小智和小勝意外成為了魔術(shù)師巴特勒的幸運(yùn)觀眾（因?yàn)樾俾牭搅索彀彩种薪Y(jié)晶發(fā)出聲音而跑向舞臺(tái)）。巴特勒告知小勝是吉拉祈發(fā)出了聲音，隨后將結(jié)晶托付...

在電影開始開篇，場景好像被設(shè)置在一片大森林中。在森林內(nèi), 一聲強(qiáng)力的呼救被一個(gè)叫Yukinari的男孩聽到了。Yukinari是一個(gè)在殘酷社會(huì)中比較天真的男孩，但這次經(jīng)歷對(duì)他來說是可能使他終身受益。 　　當(dāng)他進(jìn)入森林的時(shí)候,他遇見一個(gè)叫Mika的少女。Mika大概是森林的監(jiān)護(hù)人, 而且與 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人給這里帶來了麻煩，Yukinari將幫助Mika擺脫這些伐木者。這時(shí)Mika向Yukinari解釋了森林現(xiàn)在存在的危險(xiǎn)，以及他們必須在有限的時(shí)間內(nèi)尋找她所需要的某個(gè)答案。突然，雪比拉出現(xiàn)了，將他們帶入了40年后的時(shí)代。 　　在那里，他們遇見了我們的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari還有某種血緣關(guān)系。與此同時(shí)，火箭隊(duì)的成員之一Bisashu也在積極的尋找著雪比拉。這個(gè)男人帶著一個(gè)金屬頭盔站在...