柯南和小五郎等拉著大隊，來到位于太平洋中的美麗小島“神海島”渡假。這座島嶼自古已有流傳，大概有關(guān)沉沒于海底的古代遺跡“海底宮殿”，及300年前兩名女海盜遺留下來的寶藏傳說。小蘭和園子不懼流傳，在“海底宮殿”附近潛水時，意外遇到一大群正在尋找寶物的獵人，不料其中一人突然遭鯊魚攻擊，不幸身亡！小蘭和園子幸運逃難，柯南見那位獵人死狀詭異，與灰原一起展開調(diào)查。
　　柯南認(rèn)為獵人之死，跟寶藏傳說有著莫大關(guān)系，他試圖解開背后原因，“海底宮殿”的謎題一直系繞在他的腦海中。他找到了一組神秘名詞“Jolly Roger(海盜旗)”后，滿以為有所起色，獵人卻突然現(xiàn)身，并偷走了原來發(fā)現(xiàn)的寶藏！小蘭和園子落在獵人的魔掌之中，性命危在旦夕！隱藏于傳說中的訊息是什么？“海底宮殿”有什么秘密？穿越300年時光的暗號，柯南誓要逐步解開迷題

柯南在街頭目睹一名正打電話的警察在雨中被射殺，忙將兇手追蹤，但兇手逃脫。死者閉眼一刻緊抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南從目暮警官口中了解到緊抓左胸是暗示那里有警察手冊。不久又有警察手拿警察手冊被人射殺于地下車庫。對于這兩起案件，目暮警官等人一反常態(tài)不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心進(jìn)一步追問，白鳥警官只答一句“Need not to know”。該話是警察之間所用的密語，意味這兩起殺人事件與警察內(nèi)部人士有關(guān)。
　　柯南、小蘭等人參加白鳥妹妹的婚宴，電突然間停掉，那刻小蘭正與女警佐藤在洗手間。小蘭拿起身邊的手電筒欲照明時，一顆子彈射進(jìn)佐藤身體，小蘭嚇昏過去。次日小蘭醒來，卻因怪責(zé)自己害佐藤挨槍失去記憶。目暮見事態(tài)越來越嚴(yán)重，將秘密說出，原來死去的兩名警察正與佐藤一起重查一樁有關(guān)醫(yī)生仁野自殺的案件，該案涉及到警察局長的公子。將局長公子假定為嫌疑人之一時，柯南亦想到佐藤被射殺后宴會上少掉的兩個人。

“天空是我們的邊界?！备ダ俚拢ㄌK珊·克萊門特 Suzanne Clément 飾）這樣告訴那些好奇打探她對男友勞倫斯（梅爾維爾·珀波 Melvil Poupaud 飾）變性有什么看法的人。那是1989年，她相信她們這代人已可以接納變性人了。只是無論弗蕾德還是勞倫 斯，都要用近十年時間發(fā)現(xiàn)，真正手足無措的是他們自己。電影以閃回倒敘的手法講述一個女人同她的變性男友之間跨越世紀(jì)的情緣。對勞倫斯來說，變性是生存的前提，是令他在水底閉氣30年終于呼吸的第一口氧氣。然而勞倫斯只是決定了自己的性別，他沒想過變性后的人生，他更沒有想過，要用十年來驗證和生命中最重要的朋友/戀人——弗蕾德的感情。