時為公元2202年。自從宇宙戰(zhàn)艦大和號從那場單程長達(dá)16萬8000光年、通往伊斯坎達(dá)爾的壯大航海中回歸以來，已經(jīng)過了3年——。在“宇宙恢復(fù)系統(tǒng)”之下取回先前藍(lán)色樣貌的地球，與卡米拉斯帝國締結(jié)了和平條約。在復(fù)興的同時，為了防衛(wèi)而進(jìn)行的包含最新銳戰(zhàn)艦安德洛墨達(dá)在內(nèi)的新銳艦隊的整備工作也在推進(jìn)中。伊斯坎達(dá)爾的絲塔夏的愿望也化為烏有，地球開始邁向擴(kuò)軍之道。這真的是在無可替代的多數(shù)犧牲之后，大和所達(dá)成的真正的和平嗎？期盼宇宙平穩(wěn)的女神特蕾莎的祈愿，將大和邀往新的航海。如今，席卷宇宙的加特蘭蒂斯的威脅，正在逼近地球——。
