堂本一輝是著名的鋼琴演奏家，兩年前突然宣布不再演奏鋼琴轉(zhuǎn)而攻向管風(fēng)琴，更斥資建造了堂本音樂廳，準(zhǔn)備在落成之日舉行演奏會。然而在演奏會之前，堂本音樂學(xué)院的學(xué)生相繼死去，先是爆炸案，后是單個被殺。園子帶著柯南一行人來聽排練，認(rèn)識了女高音歌唱家秋庭憐子，擁有絕對音感的秋庭也開始遭遇到危險：潤生茶被下藥、作森林浴時遭遇空氣槍襲擊、試演會當(dāng)天更遭擊暈。然而就是從這些事件中，柯南找到了推理的邏輯：兇手試圖把秋庭排除在兇殺外。這邊已經(jīng)正式開演的演奏會渾然不知音樂大廳外已是爆炸連天，小蘭、灰原哀以及演奏廳內(nèi)的一千多人頓時危在旦夕，絕對音感成為了唯一的救命線索?？履险业搅吮ǖ倪壿?，要在罪犯引爆最后一個炸彈前，把他找出來。

擔(dān)當(dāng)原作的赤松健曾于《OVA 另一個世界》發(fā)售期間定下一個銷量目標(biāo)，稱若目標(biāo)達(dá)成，將會把漫畫改篇為長篇動畫放送。最后銷量目標(biāo)達(dá)成，赤松健亦遵守承諾，預(yù)定于2011年推出作品。起初，讀者對長篇動畫的定義有疑惑的地方，不清楚是屬于哪一種動畫形式，官方其后澄清為劇場版。
解決魔法世界崩壞的危機(jī)的涅吉，與一眾3-A學(xué)生和魔法師回到麻帆良學(xué)園。然而，他們在校門發(fā)現(xiàn)了寫著“麻帆良學(xué)園中等部畢業(yè)典禮”的橫幅。很久沒有回來的涅吉和同學(xué)們，就在有限的時間內(nèi)慌忙作好準(zhǔn)備。同時間，校長召見涅吉，要涅吉認(rèn)真考慮如何跟班內(nèi)多位學(xué)生厘清關(guān)系，尤其是跟過半班內(nèi)學(xué)生訂下的“暫定契約”，其實(shí)還有一些秘密……為了決斷的問題，涅吉覺得十分煩惱……

1943年3月31日晚，在傳奇性的薩爾迪酒吧里，著名的歌詞作家洛倫茨·哈特獨(dú)自面對著他破碎的自信心。就在同一時刻，他的前合作伙伴理查德·羅杰斯卻正在慶祝他們昔日合作的延續(xù)——具有里程碑意義的音樂劇《俄克拉荷馬！》的盛大首演。