在距離魔仙堡不遠的地方，有著另一個魔法王國，名叫“魔法彩靈堡”，這里是一個充滿色彩、充滿歡樂和充滿幽默感的世界。彩靈堡魔法世界仿佛就是一個無憂無慮、和平歡樂的魔法國度。直至一天，在彩靈 堡魔法王國邊緣，一個黑灰色的小島上，小島的主人——黑咒魔王剛從長眠中醒過來。黑咒魔王為了要讓黑咒島變得更強大，他的方法就是要將彩靈堡的“色彩魔法能量”占為己有，性格怪癖的黑咒魔王派遣他的手下——黑豆兵，秘密潛入彩靈堡，偷取色彩能量。彩靈堡公主眼見自己的國民被欺負，自己又因為被神秘的咒詛變成了一只精靈而無計可施。但她怎么也想不到，竟然會有三個來自人類世界的奇怪美少女，成為她的親密伙伴，跟她一起對付黑咒魔王。而這魔法小國和平歡樂的氣氛也因為這三個從人類世界闖進來的少女而發(fā)生了很大的變化

　　在一個月朗星稀的夜晚，美雪（易蜜兒 飾）、美琪（周利書 飾）、石小龍（沈策 飾）等好朋友在觀星露營時，意外目擊一枚碩大的隕石。連同隕石一同出現(xiàn)的，還有神秘的魔法師和受傷的美麗小鳥。美雪、美琪將小鳥帶回家，并為之取名小星。未過多久，兩個神秘怪異之人盯上了凌家姐妹。而各種危機和詭異事件也交替發(fā)生在姐妹倆的身上。正在此危急時刻，小藍（廖景萱 飾）和游樂王子（袁奇峰 飾）及時趕到，化解了美雪她們的危機。原來名叫哈萊星的星球發(fā)生異變，脫離軌道的哈萊星正向地球撞來。危險漸次逼近，正義的小魔仙最終能否拯救世界……
　　本片為同名電視劇的電影版。

　　自西元20XX年，人類從肯亞圖爾卡納湖的湖畔挖出了一個名叫索哈爾(Zohar)的物體之后，便開始對它進行研究，后來有人重建出來所謂的“神之語言”，并建立電腦程式以啟動原始索哈爾，進行和上位領(lǐng)域的U-DO(上位領(lǐng)域當中的紅色波動存在)連結(jié)的連結(jié)實驗，但很不幸地，從上位領(lǐng)域流入下位領(lǐng)域的能量造成了事象變移，使地球(游戲中所謂的“失落耶路撒冷”)幾乎完從從宇宙中“消失”，人類因而被迫逃亡，離開地球。
　　到了四千年多后，在故事開始前十五的T.C.4753年，米爾奇亞行星(Miltia)爆發(fā)了所謂的米爾奇亞沖突事件，在此次事件當中，米爾奇亞行星的人類疑似遭到了格諾西斯(Gnosis)的攻擊，并在沖突事件后消失，但事件的真相卻因為米爾奇亞的消失而不為人知。在事件后，啟動原始索哈爾（后來人類制造出了十二具索哈爾模擬體，因此原有的索哈爾就被稱之為原始索哈爾）所需的神之語言、原始索哈爾的研究成果、米爾奇亞的U.M.N.座標等事物，都被封存在Y資料當中，而Y資料又被封存在百式觀測用合成人(Relian)M.O.M.O.的意識內(nèi)，然而這么做卻引起了各方勢力對M.O.M.O.的爭奪，因此星團聯(lián)邦政府(游戲中統(tǒng)治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一個名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保護M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米爾奇亞沖突事件結(jié)束后的十幾年，也就是大約在游戲EPI開始的時候，當時最大的企業(yè)貝克達公司以對抗格諾西斯侵擾的名義，進行對格諾西斯用戰(zhàn)斗兵器KOS-MOS的開發(fā)計劃，但和當時多使用合成人(Relian)與生化人(Cyborg)的情況所不同的是，KOS-MOS是個純粹的機械制品。另一方面，在EPI開始時，參與KOS-MOS開發(fā)計劃的貝克達公司第一開發(fā)局研究人員卯月紫苑，正乘著當時載有還沒正式啟動的KOS-MOS的Woglinde號太空船進行旅途。但沒想到其太空船卻被沖著索哈爾而來的格諾西斯所攻擊，而KOS-MOS也在此時突然啟動，卯月紫苑因而被卷入一連串和格諾西斯及索哈爾有關(guān)的陰謀，以及會改變?nèi)祟惷\的事件當中……