1945年，第二次世界大戰(zhàn)接近尾聲，軸心國已成強(qiáng)弩之末，敗局已定。許多戰(zhàn)爭(zhēng)中被俘虜?shù)娜毡臼勘?jīng)過改造后，陸續(xù)踏上回國的旅途，這其中便包括羅圈腿中村下等兵（潘長(zhǎng)江 飾）。然而，即使在這垂死關(guān)頭，帝國主義的貪婪仍舊沒有收斂。輪椅太君（胡曉光 飾）傷愈出院，親自負(fù)責(zé)指揮戰(zhàn)艦阿多丸運(yùn)送傷兵回國的重任，但是阿多丸還有一個(gè)秘密任務(wù)，那就是將從中國劫掠來的文物偷運(yùn)出境。這個(gè)秘密被小劉（劉小微 飾）的父親——一個(gè)文物老專家所得知，他掌握著所有文物的清單，也因此遭到日寇的追殺。臨死之際，老教授將藏有清單的可樂瓶交給擔(dān)任聯(lián)絡(luò)員的郭大叔（郭達(dá) 飾）。偵知到日本人的陰謀，八路軍以及重慶方面的勢(shì)力都行動(dòng)起來。
　　而在這一過程中，更大的陰謀也悄悄浮出水面……

在非洲游歷了一圈之后，紐約中央公園的四位明星們繼續(xù)著回到紐約，回到中央公園的旅程。不過，只要旅途中有猩猩和那群企鵝的“幫忙”，旅程就沒有想象中的那么順利。在蒙特卡洛的一家賭場(chǎng)里，由于大家的耍寶，大鬧賭場(chǎng)，進(jìn)而招致了心狠手辣的動(dòng)物管理局上尉杜波依斯（弗蘭西斯·麥克多蒙德 Frances McDormand 配音）的圍追堵截。為了逃過追捕，大家逃進(jìn)了一個(gè)在歐洲進(jìn)行巡回演出的馬戲團(tuán)。在馬戲團(tuán)里，大家延續(xù)著“馬達(dá)加斯加”式的幽默，笑料百出。雖然，歐洲這一路上的旅行并不順利，不斷受到杜波依斯上尉的追捕威脅，不過大家一直懷揣著回到紐約，回到紐約中央公園的夢(mèng)想。在馬戲團(tuán)，還幫助了東北虎維塔利（布萊恩·科蘭斯頓 Bryan Cranston 配音）、美洲虎吉亞（杰西卡·查斯坦 Jessica Chastain 配音）以及海獅斯蒂芬諾（馬丁·肖特 Martin Sho...