故事的主角紗伊阿九斗，為了替社會(huì)盡一份心力而轉(zhuǎn)入康士坦魔術(shù)學(xué)院就讀，并以成為國(guó)家一級(jí)魔法師為目標(biāo)而決心努力。沒(méi)想到第一天上課的就獲得一段內(nèi)容相當(dāng)夸張的預(yù)言，拜預(yù)言所賜，等待他的是堪稱(chēng)多災(zāi)多難的校園生活。他將面對(duì)被身為班長(zhǎng)的女同學(xué)怨恨、被一名擁有不可思議能力的少女黏著不放，甚至還遭到帝國(guó)監(jiān)察員的少女型人造人隨時(shí)跟監(jiān)等……

平凡的中學(xué)生鹿目圓（悠木碧 配音）有一個(gè)美滿的家庭，在生活中她是個(gè)性格溫順又有愛(ài)心的好孩子。轉(zhuǎn)學(xué)生曉美焰（齋藤千和 配音）的出現(xiàn)打破了小圓平靜的生活，這個(gè)性格酷酷又體弱多病的黑長(zhǎng)直少女似乎對(duì)小圓有著什么難言之隱。命運(yùn)中的相遇出現(xiàn)了，小圓在路邊救下了一只渾身是傷的奇怪動(dòng)物 ，沒(méi)想到這只動(dòng)物居然會(huì)說(shuō)人類(lèi)的語(yǔ)言。它告訴小圓它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一個(gè)特殊的要求，它希望小圓能夠和它簽訂契約成為魔法少女。

       張凡來(lái)到異界，好不容易成為修士，卻遭人陷害修為全失，生死存亡之際，系統(tǒng)終于上線，什么神使、仙人、妖皇，在他面皆為土雞瓦狗，天下無(wú)敵的張凡也想一劍出鞘，直破云霄，但無(wú)敵劍域居然有范圍限制，為了獲得擴(kuò)展領(lǐng)域所需的經(jīng)驗(yàn)值，張凡只能引誘那些不懷好意的人前來(lái)。從此，此方世界多了一個(gè)他力壓無(wú)數(shù)天驕、一劍通神的傳說(shuō)……

　　為了對(duì)抗突然出現(xiàn)的人類(lèi)之?dāng)场改逡痢?，世界各?guó)組成了聯(lián)合軍。但能夠與他們對(duì)抗的，僅有具備特殊魔力的少女們而已……。由聯(lián)合軍主導(dǎo)的柏林奪還作戰(zhàn)終于啟動(dòng)，再次成軍的第501統(tǒng)合戰(zhàn)斗航空?qǐng)F(tuán)「強(qiáng)襲魔女」，在新的501成員「服部靜夏」加入后，與涅洛伊的殊死戰(zhàn)斗逐漸擴(kuò)大化！究竟柏林的天空能否得到解放??？

　　在充滿音樂(lè)風(fēng)情的城市－加音町成長(zhǎng)的青梅竹馬北條響和南野奏，雖然升上國(guó)中后的二人個(gè)性總是不合，但卻因著相同的興趣“音樂(lè)”而有了連結(jié)。某天響與奏正巧在舊歌劇院撞見(jiàn)時(shí)，音樂(lè)王國(guó)“大調(diào)島”的精靈－哈咪出現(xiàn)了，為了不讓“小調(diào)島”的敵人繼續(xù)將傳說(shuō)的樂(lè)譜中“幸福的旋律”變成“不幸的旋律”音符，所以找尋能夠以“高音譜記號(hào)”變身為光之美少女的響與奏。以二人合而為一的正義之心，一齊找尋飛散到人間的旋律音符，和小調(diào)島的敵人來(lái)場(chǎng)音符搶奪戰(zhàn)！