位于東京西部的巨大“學園都市”。在總人口達230萬人，其中約8成是學生的這座都市中，實施著超能力開發(fā)的特殊課程，學生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價。高中生上條當麻，也是住在學園都市的學生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評價為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生。而上條的學生生活，由于暑假開始時從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學園都市的“科學”方、與茵蒂克絲關聯(lián)的“魔法”方，在驚險地解決雙方事件的過程中，他的人際關系也逐步擴展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。如同呼應魔法方一般，科學方的學園都市也有所動作。但也有與逐漸開始對立的世界動向抗爭的人不斷出現(xiàn)。那些通過與上條有所關聯(lián)，而使命運大為改變的“英雄”們。他們挺身而出與世界對峙。如同上條當麻做過的那樣?？茖W與魔法第三次交織之時，故事將大幅推進??！

　全國大賽完結以后，越前龍馬（皆川純子 配音）回到了美國，但因為一封從日本來的信讓龍馬速速回來。原來日本U—17高中生網(wǎng)球集訓首次在初中生當中選拔。而在全國大賽表現(xiàn)十分優(yōu)異的青春、冰帝、不動峰等學園的優(yōu)秀選手都獲得了這項集訓的資格。趕上了末班車的龍馬有了更加廣闊的展示空間，從初中生跨越到高中生，龍馬等一行人即將面臨的是更強的選手，網(wǎng)球王子們再度歸來，華麗更甚，招數(shù)也更加令人眼花繚亂……本劇改編自許斐剛的同名漫畫，劇情緊隨著前作的最終章，從全國大賽幾個月后的故事開始說起。萬眾矚目的王子們再度歸來，帶著新人物的出場，一場場扣人心弦的比賽即將開始。