知名舞臺(tái)劇女演員牧樹里這日收到怪盜基德的預(yù)告信：在26個(gè)字母的盤旋飛舞中，他來拜領(lǐng)無價(jià)的“命運(yùn)的寶石”。毛利小五郎受到牧樹里委托將信件分析，認(rèn)為基德將在演出最后一晚前來盜取寶石，當(dāng)晚他及柯南、小蘭等人來到劇場，那里早有諸多警察守候。令柯南吃驚的是，基德竟扮成工藤新一出現(xiàn)在眾人面前，但他及眾人方向不同的緊張過后，寶石并沒被盜，柯南醒悟字母預(yù)告信與航班相關(guān)。而柯南、小蘭、牧樹里及其同事搭乘的前往北海道的飛機(jī)上，尚有一起殺人計(jì)劃正被精心設(shè)計(jì)。

東京、大阪、京都相繼發(fā)生殺人事件，5名死者皆是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方介入調(diào)查，發(fā)現(xiàn)死者都是出沒于3地專門偷竊有名的佛像及美術(shù)品的偷盜集團(tuán)“源氏螢”成員。該集團(tuán)共有成員8名，以義經(jīng)的家臣名字互相稱呼，且都持有一本《義經(jīng)記》，被害5人手中的《義經(jīng)記》均被拿走。這日京都古寺山能寺收到奇怪書信，說若能解開信中所附的畫謎，便能找到8年前被竊的如來佛像。柯南、小蘭隨毛利小五郎來到該寺，均對(duì)畫謎一籌莫展。5名被殺者之一曾對(duì)與新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也來到京都對(duì)案件秘密展開調(diào)查，并借機(jī)找尋自己的初戀情人。柯南與服部相遇聯(lián)手調(diào)查時(shí)，發(fā)現(xiàn)有人想置服部于死地，緊接“源氏螢”另一成員被害，而這一切，似乎又都與畫謎有關(guān)。

這日柯南、小蘭一行人來到米花市市政大廳，一場有關(guān)最新游戲“繭”的發(fā)布會(huì)正在這里召開。由于迥異于以往任何一款游戲的“繭”可能一舉改變?nèi)蛴螒驑I(yè)界的價(jià)值觀，發(fā)布會(huì)吸引了代表日本上流社會(huì)的政治、財(cái)經(jīng)、演藝界人士，50名游戲體驗(yàn)者也多是他們的后代，新一的父親、推理小說大師工藤優(yōu)作由于參與故事編寫，也來到現(xiàn)場。這邊熱熱鬧鬧，游戲的研發(fā)者兼負(fù)責(zé)人堅(jiān)村卻被殺于地下室。堅(jiān)村死前留在鍵盤J、T、R上的血跡令柯南想到答案可能在游戲中，他利用優(yōu)作的關(guān)系加入了體驗(yàn)者隊(duì)伍，小蘭、灰原哀等人也拿到了體驗(yàn)入場券。
　　50名體驗(yàn)者剛分別進(jìn)入一個(gè)外型酷似蠶繭的“大型膠囊”，游戲即被自稱“諾亞方舟”的人工智能控制，“諾亞方舟”稱游戲?qū)⑻峁?個(gè)完全真實(shí)的歷史場景，體驗(yàn)者可選擇其中之一進(jìn)入，被淘汰會(huì)進(jìn)入休眠狀態(tài)，若最后無人走到終點(diǎn)，他們的大腦組織皆會(huì)被摧毀，此舉是為令日本社會(huì)重生。柯南一行及幾個(gè)驕橫無禮的上流社會(huì)公子哥進(jìn)入的是19世紀(jì)倫敦的貝克街，那里殺人犯開膛手杰克正在興風(fēng)作浪，他身上正有柯南要找的答案！而優(yōu)作也在現(xiàn)實(shí)中正對(duì)案件展開調(diào)查。

柯南在街頭目睹一名正打電話的警察在雨中被射殺，忙將兇手追蹤，但兇手逃脫。死者閉眼一刻緊抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南從目暮警官口中了解到緊抓左胸是暗示那里有警察手冊(cè)。不久又有警察手拿警察手冊(cè)被人射殺于地下車庫。對(duì)于這兩起案件，目暮警官等人一反常態(tài)不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心進(jìn)一步追問，白鳥警官只答一句“Need not to know”。該話是警察之間所用的密語，意味這兩起殺人事件與警察內(nèi)部人士有關(guān)。
　　柯南、小蘭等人參加白鳥妹妹的婚宴，電突然間停掉，那刻小蘭正與女警佐藤在洗手間。小蘭拿起身邊的手電筒欲照明時(shí)，一顆子彈射進(jìn)佐藤身體，小蘭嚇昏過去。次日小蘭醒來，卻因怪責(zé)自己害佐藤挨槍失去記憶。目暮見事態(tài)越來越嚴(yán)重，將秘密說出，原來死去的兩名警察正與佐藤一起重查一樁有關(guān)醫(yī)生仁野自殺的案件，該案涉及到警察局長的公子。將局長公子假定為嫌疑人之一時(shí)，柯南亦想到佐藤被射殺后宴會(huì)上少掉的兩個(gè)人。

“天空是我們的邊界?！备ダ俚拢ㄌK珊·克萊門特 Suzanne Clément 飾）這樣告訴那些好奇打探她對(duì)男友勞倫斯（梅爾維爾·珀波 Melvil Poupaud 飾）變性有什么看法的人。那是1989年，她相信她們這代人已可以接納變性人了。只是無論弗蕾德還是勞倫 斯，都要用近十年時(shí)間發(fā)現(xiàn)，真正手足無措的是他們自己。電影以閃回倒敘的手法講述一個(gè)女人同她的變性男友之間跨越世紀(jì)的情緣。對(duì)勞倫斯來說，變性是生存的前提，是令他在水底閉氣30年終于呼吸的第一口氧氣。然而勞倫斯只是決定了自己的性別，他沒想過變性后的人生，他更沒有想過，要用十年來驗(yàn)證和生命中最重要的朋友/戀人——弗蕾德的感情。